По состоянию на 2016 год, следствие по делу о теракте, начатое Генеральной прокуратурой России 1 сентября 2004 года, остается открытым. Расследование обстоятельств теракта проводили несколько независимых друг от друга комиссий, экспертных групп и общественных организаций, однако многие обстоятельства, включая реальное количество террористов, возможный побег многих из них, действия правительства во время переговоров и штурма здания, а также причины ограниченного и противоречивого освещения в СМИ, оспариваютс